22 Rパッケージ活用のエラーへの対処
あらゆる機械や工具において、「可動性」は不具合の原因となりやすい。オープンソースでつくられるパッケージは、Rコミュニティの「活力源」であると同時に、その「可動性」ゆえに不具合につながってしまうことが多い。
package libraryのpathがRStudioに認識されないとき
RStudioを最初に設定するとき、パッケージを利用できないことがよくある。(Windowsを使っている学生の25%ほどが、このようなエラーになってしまう。これは、もう、学生のエラーではなく、Windows + RStudioのエラーと言っていいだろう。) 具体的に、install.packages()を実行すると、
... is not writable.として許可が得られないC:/OneDrive/???/...として日本語のフォルダ名が文字化けしてしまう
ことがある。パッケージのコードが保存されているファイルを保存するディレクトリをlibraryと呼ぶ。これらのエラーは、libraryのpathがRStudioにしっかり認識されていないということである。
RStudioを立ち上げるときに、自動でlibrary pathを設定されるように する方法を紹介したい。
Step 1. 手動で、日本語がフォルダー・パスに入らないようにlibraryとするフォルダーを作成する。
- OneDriveや、日本語のパスなどがエラーのもととなりやすいようである。
- たとえば、Cドライブに直接
"C:/mylib"というフォルダーを作成する。
Step 2. 新しいフォルダーにlibrary pathを設定する
.libPaths()の関数を使い、library pathを設定する。
.libPaths("C:/mylib")Step 3. 新しいpathであれば、install.packages()を実行できるかを検証する
- library pathを変更したらパッケージをインストールできるかを検証しよう。例えば、以下のコードを実行してみることができる。このコードは、「１が数値という変数型である」ことを確認するものである。
Test passedと表示されればOKである。
install.packages("testthat")
testthat::test_that('1 is a number', {
testthat::expect_true(is.numeric(1))
})Step 4. RStudioを立ち上げるときに、自動でlibrary pathを設定されるようにする
Rを使うときに毎回.libPaths()のコードを実行するのは大変である。そこで、以下の２つのファイルをフォルダーに加えることによって、RStudioを立ち上げるときに自動で設定できる。
.Rprojファイルを、プロジェクトのフォルダーに加えるFile -> New Project -> Existing Directory -> project working directoryを設定 -> Create Project
.Rprofileファイルを、プロジェクトのフォルダーに加える- 「メモ帳」のtext fileを開き、“.Rprofile”という名前で保存する (
.txtの拡張子が残らないように注意) - Step 2の
.libPaths("C:/mylib")を内容に書く
- 「メモ帳」のtext fileを開き、“.Rprofile”という名前で保存する (
RStudioを立ち上げるとき、つねに.Rprojファイルをクリックして立ち上げるようにすれば、自動でlibrary pathを設定できる。
library pathのエラーに関するその他のリソース
パッケージをインストールする際のエラーは、非常に多いようである。以下のリンクの内容も参考になるだろう。
packagesがコンフリクトを起こすとき
- 実際のプロジェクトでは、複数のパッケージを使うことがある。このとき、後からインストールしたパッケージとの互換性などの問題で、パッケージを実行できなくなるときがある。
- 上記のStep 1 ～ Step 4の方法は、パッケージのコンフリクトに対しても適用できる。新しいライブラリを作成し、そちらに必要なパッケージを全てインストールしなおすというアプローチである。